Persona 3 narra la historia de un grupo de estudiantes que descubre la existencia de una hora secreta al final del día: la Hora Oscura. Durante este tiempo, la mayoría de las personas se transforman en ataúdes y criaturas conocidas como Sombras atacan.
El protagonista, junto con sus compañeros, lucha contra estas Sombras enfrentando el miedo, la desesperación y, sobre todo, la inevitable realidad de la muerte.
El juego trata principalmente el concepto de mortalidad. Los personajes deben enfrentarse a la certeza de que la vida es finita y que la muerte es parte ineludible de la existencia.
La historia evoluciona desde el miedo hasta la aceptación, proponiendo que vivir plenamente es el verdadero acto de resistencia ante la muerte.
Persona 3 está lleno de simbolismo y referencias filosóficas, desde el uso de la Torre del Tártaro (inspirada en la mitología griega), hasta conceptos extraídos de la filosofía existencialista.
El mensaje final de Persona 3 no es deprimente, sino profundamente humanista: aunque todos vamos a morir, lo que importa es cómo elegimos vivir.